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Download-Center - Biologie


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Das Zentrum für Computergestützte Biologie

Das Center for Computational Biology (CCB) ist ein multidisziplinäres Zentrum, das sich der Erforschung von Genomik, Genetik, DNA-Sequenzierungstechnologie und Computermethoden zur DNA- und RNA-Sequenzanalyse widmet. CCB bringt Wissenschaftler und Ingenieure aus vielen Bereichen zusammen, darunter Biomedizintechnik, Informatik, Biostatistik, Genomik, Genetik, Molekularbiologie, Physik und Mathematik, die alle ein gemeinsames Interesse daran haben, ein besseres Verständnis dafür zu erlangen, wie Gene und Genome biologische Funktionen. Wir entwickeln und wenden eine Technologie an, die Sequenzdaten verwendet, um eine Vielzahl von Fragen zu untersuchen, darunter wie Gene Krankheiten verursachen, wie sich Gene als Reaktion auf verschiedene Bedingungen in der Zelle verändern und wie sich Genome entwickeln.

Zusätzlich zu seinem Forschungsprogramm bietet das CCB Bioinformatik-Expertise für Abteilungen und Zentren an den Fakultäten für Medizin und öffentliche Gesundheit durch eine Beratungsgruppe, die in den neuesten computergestützten Methoden zur Sequenzanalyse geschult ist. Mehr über CCB. »


Einstieg

Der beste Weg, um mit dem Andocken zu beginnen, besteht darin, dem ausführlichen Tutorial in unserem Nature Protocols-Papier zu folgen: „Computational Ligand-Protein Docking and Virtual Drug Screening with the AutoDock Suite. Es ist auf PubMedCentral frei verfügbar und auch in schön formatierter Form über Nature Protocols erhältlich. Laden Sie unbedingt die ergänzenden Dateien herunter, die mehrere ausgearbeitete Beispiele enthalten, die Sie ausprobieren können. Dieses Tutorial stellt Ihnen drei Programme mit den Kernfunktionen von AutoDock vor:

  • AutoDockTools, die grafische Benutzeroberfläche, die Sie zum Vorbereiten von Liganden- und Proteinkoordinatendateien und zur Analyse der Ergebnisse benötigen, ein einfaches Docking-Programm in einem Schritt, das für die meisten Liganden-Protein-Systeme effektiv ist
  • AutoDock führt zusammen mit AutoGrid das Andocken in zwei Schritten durch und bietet mehr vom Benutzer einstellbare Optionen für Systeme mit besonderen Herausforderungen.

Mehrere spezialisierte Andockprogramme sind verfügbar, wenn Sie sich mit Andock- und Begegnungssystemen vertraut machen, die eine besondere Behandlung erfordern. Diese beinhalten:

    : ein computergestütztes Andockprogramm mit flexiblen Proteinzielen, einschließlich Seitenkettenbewegung und induzierter Anpassung : ein Programm zum computergestützten Andocken von Peptiden an Proteinziele.

Wenn Sie sich für virtuelles Screening interessieren, bietet Raccoon2 eine dedizierte grafische Benutzeroberfläche zum Verwalten von Koordinaten und Andocken sowie zur Analyse der Ergebnisse.

Wir haben auch spezielle Tools für verschiedene Aspekte der Docking-Vorbereitung und -Analyse entwickelt, wie die Software zur Vorhersage der Bindungsstelle AutoSite und AutoLigand.


Download-Center - Biologie

Genomprojekte

Genom
Genom
Größe
Sequenzierungszentrum
(Technologie)
Monteur
Downloads
Veröffentlichung
Sequoia sempervirens
(Küstenmammutbaum)
33 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU(ONT)
MaSuRCA NCBI
CCB
Projektankündigung
Sequoia giganteum
(Riesenmammutbaum)
11 Gbp UC Davis (Illumina)
JHU(ONT)
MaSuRCA
Schwalbenschwanz HiRise
NCBI
CCB
Projektankündigung
Pinus taeda
(Loblolly-Kiefer)
22 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA Treegenesdb
CCB
Nealeet al., Genombiologie 2014
Lomentospora prolificans
(pathogener Pilz)
37 Mbit/s JHU (Beleuchtung)
JHU(ONT)
Megahit
MaSuRCA
NCBI
CCB
Salzberget al., G3 2017
Pinus lambertiana
(Zuckerkiefer)
31 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
Treegenesdb
CCB
Stevens et al., Genetik 2016
Pseudotsuga mensiesii
(Douglas-Tanne)
18 Gbp UC Davis (Illumina) MaSuRCA, SOAPdenovo Treegenesdb
CCB
Nealeet al., G3 2017
Aegilops tauschii
(Ziegengras)
4 Gbp UC Davis (Illumina, BioNano), JHMI (PacBio) MaSuRCA, DeNovoMAGIC NCBI
CCB
Ziminet al., Genomforschung 2017
Luo et al., Natur 2017
Triticum aestivum
(Weizen)
15 Gbp UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA NCBI
CCB
Ziminet al., GigaScience 2017
Quercus lobata
(Tal-Eiche)
750 Mbit/s UC Davis (Illumina, PacBio) MaSuRCA
Schwalbenschwanz HiRise
NCBI
CCB
Sork et al., G3 2016
Juglans regia
(englische Walnuss)
620 Mbit/s UC Davis (Illumina), JHU (ONT) MaSuRCA NCBI
CCB
Martinez-Garcia et al., Das Pflanzenjournal, 2016
Juglans microcarpa
(Texas-Walnuss)
940 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans cathayensis
(Chinesische Walnuss)
800 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Pterocarya stenoptera
(chinesische Wignut)
950 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans hindsii
(Hinds Schwarznuss)
650 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans nigra
(Ostern Schwarznuss)
645 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Juglans sigillata
(Eisennuss)
645 Mbit/s UC Davis (Illumina) MaSuRCA
SOAPdenovo
NCBI
CCB
Stevens et al., G3, 2018
Rhesus-Makaken
(Makaken)
2,72 Gbp Baylor College of Medicine HGSC (Sanger, Illumina) MaSuRCA NCBI Ziminet al., Biologie Direkt 2014
Bombus ungeduldig
(Gemeinsame östliche Hummel)
250 Mbit/s Universität von Illinois (Ilumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Sadd et al., Genombiologie 2015
Megachile-Rotundaten
(Alfalfa-Blattschneiderbiene)
275 Mbit/s Universität von Illinois (Ilumina) SOAPdenovo NCBI
CCB
Kapheimet al., Wissenschaft 2015
Heliconius melpomene
(Tropischer Schmetterling)
269 ​​Mbit/s Cornell-Universität (454/Illumina) CABOGO NCBI Heliconius Genom Konsortium, Natur 2012
Xanthomonas oryzae
(Xanthomonas)
4,8 Mbit/s Cornell-Universität (PacBio) HGAP
Celera Assembler, AMOS Minimo
NCBI Booher et al., Mikrobielle Genomik 2015
Meleagris gallopavo
(Inländischer Truthahn)
1,2 Gbp Roche/VaTech(454), USDA/NIH(Illumina) MaSuRCA NCBI Dalloulet al., PLoS Biologie 2010
Bos Stier
(Haushaltskuh)
2,9 Gbit/s Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera-Assembler, UMD-Überlapper NCBI
CCB
Ziminet al., Genombiologie 2009
Wolbachia-Endosymbiont der Culex-Mücke (Wolbachia) 1,5 Mbit/s TIGR, Breites Institut (Sanger) Celera-Monteur NCBI Salzberget al., J. Bakteriologie 2009
Francisella tularensis
(Francisella)
1,9 Mbit/s Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera-Monteur NCBI Puiu und Salzberg, Plus eins 2008
Pseudomonas aeruginosa Pab1 (Pseudomonas) 6,3 Mbit/s CBCB (Beleuchtung) AMOScmp
Samt
NCBI
CCB
Salzberget al., PLoS-Komp. Biologie 2008
Xanthomonas oryzae PXO99A
(Xanthomonas)
5,2 Mbit/s TIGR (Sänger) Celera-Monteur NCBI
CCB
Salzberget al., BMC Genomics 2008
Carica-Papaya
(Papaya)
370 Mbit/s Universität von Illinois (Sanger) Arachne NCBI Ming et al., Natur 2008
Trichomonas vaginalis 176 Mbit/s TIGR (Sänger) Celera-Monteur NCBI Carltonet al., Wissenschaft 2007
Brugia Malaysia 94 Mbit/s TIGR (Sänger) Celera-Monteur NCBI Ghedinet al., Wissenschaft 2009
Caenorhabditis briggsae
108 Mbit/s Sängerzentrum (Sanger) Celera-Monteur NCBI
CCB
Steinet al., PLoS Biol 2003
Tetrahymena thermophila 103 Mbit/s TIGR (Sänger) Celera-Monteur www.ciliate.org
NCBI
Eisenet al., PLoS Biol 2006
Trypanosoma cruzi 90 Mbit/s TIGR (Sänger) Celera-Monteur NCBI Najib et al., Wissenschaft 2005
Drosophila pseudoobscura 164 Mbit/s Baylor College of Medicine HGSC (Sanger) Celera-Monteur CCB
NCBI
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natur 2007
Drosophila Yakuba 166 Mbit/s Universität Washington (Sanger) Celera-Monteur NCBI
CCB
Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natur 2007
Drosophila virilis 206 Mbit/s Agencourt Bioscience
TIGR (Sänger)
Celera-Monteur NCBI Drosophila 12 Genomes Consortium et al., Natur 2007

GAGE und GAGE-B sind Bewertungen der Kontiguität und Genauigkeit von Assemblierungen, die von einigen der am häufigsten verwendeten Genom-Assembler generiert werden. GAGE-B (für Ansammlungen bakterieller Organismen) folgt den von GAGE ​​festgelegten Standards.

Drosophila (Fruchtfliege) Endosymbionten

Die Assemblierungen der Endosymbiontengenome wurden mit AMOScmp durchgeführt und sind erhältlich von:

Wolbachia-Endosymbiont von Drosophila annanasae - GenBank-Eintrag
Wolbachia-Endosymbiont von Drosophila simulans - GenBank-Eintrag
Wolbachia Endosymbiont von Drosophila willistoni - (Contigs) (traceIDs)


Laden Sie A/L-Papiere, Markierungsschemata und Bewertungsberichte herunter

Links aktualisiert: 11. April 2017

Das Prüfungsamt hat Bewertungsberichte für die Prüfungen GCE A/L 2012, 2013, 2014 veröffentlicht. Sie können sie jetzt hier herunterladen.

Diese Berichte enthalten folgende Details:

Prüfungsarbeit für jedes Fach
Bewertungsschema für jedes Fach
Anzahl der Kandidaten, die an Prüfung, Noten und Datenanalyse teilgenommen haben
Beobachtung und Schlussfolgerungen zu den Antworten der Kandidaten
Ratschläge und Anregungen zum Schreiben guter Antworten für Schüler und Lehrer.


Das ist Biologie: die Wissenschaft der lebenden Welt

Die Biologie war bis vor kurzem das vernachlässigte Stiefkind der Wissenschaft, und viele gebildete Menschen haben wenig Verständnis dafür, wie die Biologie die natürliche Welt erklärt. Um jedoch die großen politischen und moralischen Fragen, mit denen wir heute konfrontiert sind, anzugehen, müssen wir ihre biologischen Wurzeln verstehen. Dieses lehrreiche neue Buch von Ernst Mayr wird hier Abhilfe schaffen. Ein Augenzeuge des unerbittlichen biologischen Fortschritts dieses Jahrhunderts und der Schöpfer einiger seiner wichtigsten

Konzeptes ist Mayr in einzigartiger Weise qualifiziert, eine Vision der Wissenschaft anzubieten, die die Biologie fest in den Mittelpunkt stellt, und eine Vision der Biologie, die den Primat des ganzheitlichen, evolutionären Denkens wiederherstellt. Wie er überzeugend argumentiert, können die Naturwissenschaften viele Aspekte der Natur, die für das Leben einzigartig sind, nicht behandeln. Lebende Organismen müssen auf jeder Organisationsebene verstanden werden, sie können nicht auf die Gesetze der Physik und Chemie reduziert werden. Mayrs Ansatz ist erfrischend widersprüchlich

mit dem reduktionistischen Denken, das zu Beginn dieses Jahrhunderts die wissenschaftliche Forschung dominierte, und wird dazu beitragen, die Denkweise der Menschen über die natürliche Welt neu zu bestimmen. This Is Biology kann auch als "Lebensgeschichte" der Disziplin gelesen werden - von ihren Wurzeln im Werk des Aristoteles über ihre Ruhe während der wissenschaftlichen Revolution und ihre Blüte in den Händen Darwins bis hin zu ihrem spektakulären Wachstum mit dem Aufkommen des molekulare Techniken. Mayr zeigt die territorialen Überschneidungen auf

zwischen Biologie und Geisteswissenschaften, insbesondere Geschichte und Ethik, und beschreibt wichtige Unterschiede zwischen Wissenschaft und anderen Denksystemen, einschließlich der Theologie. Sowohl als Überblick über die Wissenschaften des Lebens als auch als Höhepunkt eines bemerkenswerten Lebens in der Wissenschaft wird This Is Biology Fachleute und allgemeine Leser gleichermaßen reich belohnen

Access-restricted-item true Hinzugefügt am 2010-10-22 18:56:37 Bookplateleaf 0005 Boxid IA120815 Boxid_2 BWB220140928 Kamera Canon 5D City Cambridge, Mass. [u.a.] Donor alibris Edition 5. print. Externe Kennung urn:oclc:record:1036954884 Extramarc MIT-Bibliotheken Foldoutcount 0 Kennung thisisbiologysci00mayr Kennung-ark ark:/13960/t71v69b42 Isbn 067488468X
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Downloads

Das Benennungsschema "Calibration Site File" von SBC folgt dem folgenden Format:

APS stellt in der Regel drei Monate lang Röntgenaufnahmen zur Verfügung. Jeder dreimonatige Zyklus wird als APS-"Lauf" bezeichnet. Zwischen den APS-Läufen gibt es eine einmonatige Abschaltfrist, um Geräte-Upgrades und Wartungsarbeiten zu ermöglichen. APS-Läufe erstrecken sich über die Monate von:

  • Februar bis April APS Run_01
  • Juni bis August APS Run_02
  • Oktober bis Dezember APS Run_03

Für jedes Kalibrierungsset wird ein Unterverzeichnis mit der Namenskonvention bereitgestellt beamline_detector_APSrun:

  • der Name der Strahllinie ist entweder 19BM oder 19ID
  • der Detektorname ist entweder Q210r oder Q315r
  • Der APS-Lauf wird nach folgender Konvention benannt:
    • 4-stellige Jahreszahl (gefolgt von einem Unterstrich)
    • 2-stellige Laufnummer (gefolgt von einem Unterstrich)
    • Binning-Modus des Detektors (entweder Behälter oder voll)

    Zum Beispiel Verzeichnis 19ID_Q315r_2014_02 enthält den Satz von Kalibrierungsdateien für Bilder, die gesammelt wurden auf:

    Bitte verwenden Sie Ihren Webbrowser, um jede einzelne Datei aus dem Kalibrierungsset herunterzuladen, die Ihren Daten entspricht.

    VORSICHT: Dateien enthalten eine Kombination aus ASCII- und Binärdaten. Bitte verwenden Sie einen geeigneten Download-Modus, um dies zu berücksichtigen.

    Die Online-Dateien repräsentieren die Kalibrierstellendateien des letzten Geschäftsjahres. Vorherige Site-Dateien werden offline verwaltet. Um diese älteren Dateien zu erhalten oder wenn Sie Fragen haben, wenden Sie sich bitte an das SBC-Personal.


    Grad

    WIE. BiologieDas Biologieprogramm (BIOL) richtet sich in erster Linie an Studierende, die einen Wechsel in einen biologischen Studiengang an einem vierjährigen College oder einer Universität beabsichtigen, oder für Studierende, die einen Wechsel in ein Pflege- oder vormedizinisches Programm erwägen. Der Lehrplan ist so organisiert, dass die Kurse problemlos auf das UC- und CSU-System übertragen werden können. Das Programm bietet den Studierenden die erforderlichen Biologie-Haupttransferpunkte, ist aber flexibel genug, um den Studierenden die Wahl und Integration informeller Schwerpunktbereiche wie prämedizinischer Lehrplan, Zell- und Molekularbiologie, Organismenbiologie sowie Ressourcen- und Umweltbiologie zu ermöglichen, in eine individualisierte und vielfältige Biologie der unteren Abteilung Programm. Weitere Informationen finden Sie im Katalog des Feather River College.

    Biologie am Feather River College

    Der Biologieunterricht ist klein (nicht mehr als 30 Schüler) und kollaborative Gruppenarbeit ist üblich. Es gibt grundsätzlich keine Warteliste!

    Viele Laborkurse finden im Freien statt und wir nutzen Campus-Ressourcen wie die College-Brutstätte.


    CNSB Jahresberichte

    Unsere Forschung

    Die menschliche Gesundheit und Entwicklung hängen von dynamischen Netzwerken physischer und funktioneller Interaktionen zwischen Proteinen ab. Die Details dieser Netzwerke – wie sie gebildet werden und wie sie funktionieren – sind jedoch weitgehend unbekannt. Noch wichtiger und vielleicht überraschend ist, dass es immer noch unklar ist, wie diese Netzwerke bei Erkrankungen wie Krebs, Neurodegeneration oder Herz-Kreislauf-Erkrankungen versagen.

    Das CNSB zielt darauf ab, das grundlegende Verständnis der molekularen Mechanismen zu fördern, die die menschliche Gesundheit und Entwicklung, die grundlegende Zellbiologie und die normale Proteinfunktion steuern. Da die Störung von Proteininteraktionen vielen Pathologien zugrunde liegt, werden diese Studien auch kausale Krankheitsbeziehungen und arzneimittelfähige Angriffspunkte aufdecken und so dazu beitragen, die Präzisionsmedizin voranzubringen.

    Unser Team

    Ein talentiertes Forscherteam des Zentrums entwickelt und setzt innovative Methoden der „funktionalen Proteomik“ ein. Diese Methoden kombinieren Proteinbiochemie, Präzisionsmassenspektrometrie und Molekulargenetik mit integrativen statistisch motivierten Computeransätzen, um die unzähligen Proteininteraktionen in Zellen und Geweben systematisch zu charakterisieren.


    Biologie-Diagramm- und Illustrationssoftware - Einfach mit dem Biologie-Zeichnen beginnen

    Biologie ist die Naturwissenschaft, die das Studium des Lebens und der lebenden Organismen umfasst. Biologiediagramme und Illustrationen werden in Wissenschaft und Bildung häufig verwendet, um die physikalische Struktur, chemische Zusammensetzung, Funktion, Entwicklung und Evolution darzustellen. Die Biologiediagramm- und Illustrationssoftware wurde entwickelt, um Ihnen das Zeichnen in Biologie zu erleichtern.

    Biologie- und Illustrationsdiagramm-Software

    Erweitert um eine professionelle Biologie-Lösung bietet diese Biologie-Diagramm-Software eine Reihe nützlicher Werkzeuge zum schnellen und einfachen Zeichnen verschiedener Biologie-Illustrationen und -Zeichnungen. Mit den einfachen, aber effizienten Werkzeugen wie Raster, Regeln und Hilfslinien können Sie die Objekte leicht drehen, gruppieren, ausrichten, anordnen und verschiedene Schriftarten und Farben verwenden, um Ihr Diagramm außergewöhnlich aussehen zu lassen. Ein solches Biologie-Diagramm ist klarer und einfacher zu bearbeiten als ein handgezeichnetes auf einem Blatt Papier, und es profitiert sehr beim Teilen und Präsentieren.

    Laden Sie die Edraw-Software für Biologiediagramme herunter und sehen Sie, wie schnell und einfach Sie professionelle Biologiediagramme erstellen können:

    System Anforderungen

    • Funktioniert unter Windows 7, 8, 10, XP, Vista und Citrix
    • Funktioniert auf 32- und 64-Bit-Windows
    • Funktioniert unter Mac OS X 10.2 oder höher

    Biologie Diagrammsymbole

    Die Biologie ist eng und tief in das vielfältige Leben eingebunden, das jeden Tag passiert. Die leistungsstarke Software für wissenschaftliche Diagramme bietet Bibliotheken mit zahlreichen Vektorsymbolen, die nicht nur Biologie, sondern auch Physik, Chemie, Laborausrüstung, Mathematik und Astronomie usw. betreffen. Die Verwendung von Symbolen und Illustrationen aus allen Kategorien hilft Ihnen, das Biologiefach durch a umfassende Studie. Für Lehrer kann die Verwendung einer solchen Software für wissenschaftliche Diagramme definitiv Zeit sparen und die Unterrichtsqualität verbessern.

    Tierzellen

    Pflanzenzellen

    Die eingebauten Biologiesymbole und Illustrationen lassen sich mit Hilfe von Zeichenwerkzeugen in Symbole Tab. Die vollständige Nutzung dieser Tools macht die Erstellung von Biologiediagrammen einfach und effizient.

    Funktionen der Biologiediagramm-Software

    • Unterstützung zum Einfügen von Hyperlinks, Anhängen und Notizen mit einem Klick.
    • Reichlich und exquisite eingebaute Biologiesymbole und vorgefertigte Beispiele.
    • Praktische grundlegende Werkzeuge für das automatische Layout und die Ausrichtung.
    • Vektorgrafikdateien zum Konvertieren in eine Vielzahl von Formaten: Bild-, HTML-, SVG-, PDF-Datei, MS Office-Dateien wie PPT, Word, Excel und Visio usw.
    • Vielseitige Zeichenwerkzeuge zum Bearbeiten integrierter Elemente oder zum Zeichnen personalisierter Biologiesymbole.

    Beispiele für Biologiediagramme

    Hier sind einige vorgefertigte Biologiediagramme aus unserer Software. Klicken Sie auf das Bild, um den Vektor herunterzuladen und weitere kostenlose Beispiele für Biologiediagramme zu finden, um Ihre Biologiezeichnung zu inspirieren. Es stehen weitere Zeichenwerkzeuge und Geometriefunktionen zur Verfügung, um biologische Illustrationen an Ihre Anforderungen anzupassen.

    Weiterführende Literatur


    Schau das Video: NCBI: Gene (Januar 2022).